A actual igreja, sede da aparóquia com o mesmo nome, edificada entre 1746 e 1758, é considerada o mais belo monumento da freguesia. Construída sobre uma ermida gótia, salienta-se a rapidez com que foi constrída.

A referida "era a única que havia para aquele sítio", como relata Gaspar Frutuoso numa das suas ínumeras obras. Mais tarde, este local adoptou o nome de Ponta do Pedro, o "velho", após ter sido construída, mais para o interior da vila, a presente Igreja de São Pedro. A zona recebeu, a partir dessa altura, a significação de São Pedro, o "novo", tendo a freguesia passado a gozar da denominação de "Vila Nova".

Ao longo dos tempos e na sequência de diversos terramotos a igreja sofreu várias remodelações, sem, no entanto alterar a traça original. A primeira missa foi celebrada a 2 de Fevereiro de 1758. O templo distingui-se pela sua linda fachada em pedra negra da ilha. Tipicamente barroca, esta fronteira está coroada por um frontão com várias volutas que fazem desta igreja o mais emblemático monumento de São Pedro e de todo o concelho. Ao centro num nicho ostenta uma imagem do padroeiro, datada do sécul XVIII.